火影忍者手游中的水牢秘境是一个需要掌握特定机制才能高效通关的副本玩法。其核心挑战在于对战场的控制，尤其是对BOSS走位的精准限制以及对所有水泡技能的严密规避。整个战斗流程大致分为明显的三个阶段，每个阶段都对玩家的走位意识、技能衔接和局势判断有不同要求。副本中会周期性出现缓慢飘行的绿色水泡，一旦触碰到玩家或被其困住，不仅会导致角色进入无法行动的浮空定身状态，还会持续为BOSS回复血量，因此任何时候都应将躲避水泡视为最优先事项。
战斗的第一阶段，开局时需要将BOSS引至或逼退到地图两侧的水面附近，利用地形限制其行动和技能释放的范围。在此阶段，保持对BOSS的稳定连招压制至关重要，尽量避免使其倒地或触发倒地保护机制，因为BOSS倒地起身后容易进入暴怒状态并召唤额外的小怪，这会打乱战斗节奏。理想的做法是选择技能连招流畅、能够进行长时间压制的忍者，通过持续的浮空攻击将BOSS控制在水面边缘地带，并在其血量降至约八管半左右时，利用高伤害的奥义技能进行斩杀或过渡。
当BOSS血量降至八管左右时，战斗会强制进入第二阶段。此时BOSS会变为短暂无敌状态，召唤数名小怪登场，同时场景中开始出现移动的水泡。此阶段的首要目标是快速清理所有小怪，避免它们干扰后续战斗。建议提前移动到地图左下角等有利位置，利用范围技能或高伤害密卷集中消灭小怪。小怪被清除后，BOSS会重新登场，战斗进入最终阶段。在此阶段，除了第一阶段的所有机制外，水泡的干扰会变得更加频繁。一个关键的技巧是，当BOSS被击落入两侧水中时，会释放全屏范围的水龙弹攻击，但在地图最上方的X轴整行以及地图中央密卷刷新点所在的Y轴整列是绝对安全的躲避位置，玩家可以提前预判并移动到这些安全区。
如果有队友参与挑战，清晰的职责分工能显著提升通关效率与稳定性。可以指定一名队员主要负责使用秘卷或抓取技能打断BOSS的关键行动，其他队员则专注输出。团队作战时务必相互照应，一旦有队友被水泡困住，其他队员应立即使用技能或秘卷打破水泡进行救援，否则BOSS的持续回血会大幅延长战斗时间。通关后，玩家可以获得饰品与忍具奖励，其品质与挑战的难度直接相关，但具体的掉落仍存在一定的随机性。每日在手动成功通关一次后，便可使用秘境挑战券进行扫荡以快速获取奖励。
